PCR板使用PP材质,由96个PCR反应管组成,按字母数字顺序标识。超薄壁的设计保证快速、均匀的热传递。光滑的内壁防止酶或核酸粘附。加高的孔缘,能防止样品间交叉污染,尤其是配合封板垫使用,能提供更良好的密闭效果。另外封板垫可用标准的移液器吸头轻易刺穿。PCR板也可用传统的自粘型封板膜密封。
现在的PCR仪一般具有两种温控模式,即模块温控模式和反应管温控模式。在模块温控模式下,机器根据探测器直接探测的温控模块(即承载样品的金属台)的温度进行控制,这种模式适用于长时间的静态孵育(如连接、酶切、去磷酸化等)。反应管温控模式实际上是一种模拟试管/PCR板的温控模式,根据探测器所探测到的温控模块的温度由计算机计算出管内/PCR板孔内样品液的温度来进行控制。一般说来,试管温控更为准确,因为管内样品的温度无法与温控模块同时达到预设温度。特别是PCR反应中的孵育过程一般都很短暂(30秒或更短),如果采用只有模块温控模式的话,反应混合物孵育的时间与程序设定的时间会有相当大的差距。而反应管控制准确的算法能自动补偿时间,而且适合各种类型的反应管,确保反应混物按照程序设定的时间维持预设温度。
有的PCR厂家推出了另一种温控方式即热敏电极温控模式。该方法将一个热敏电极插入一个专门的测量管中(管中装有矿物油),反应进行时,将该测量管插入温控模块的样品进行检测。通过此途径可以监测反应管内样品的实际温度,但这种方法未免有些华而不实。测量管中矿物油的温度变化与实际反应样品的温度变化未必一致;因为测量管必须占用一个样品孔,所以使用该温控方式时就无法使用96孔PCR板作实验。